2025年4,5月のBio"Pack"athonについて

[露崎弘毅]

MLのみなさま

千葉大の露崎です。

生命科学で利用されるデータベースやデータ解析手法をパッケージにするハッカソンであるBio"Pack"athonに関して以下2点のお知らせです。


1. 2025年4月のBio"Pack"athon
4/9（水）17時から、通常通りオンラインで行います。
前半は、コアメンバーの久米さんに生成AIを利用したWeb開発に関するトークをしていただき、後半は私が（シングルセル）オミックス解析で利用される幹細胞性スコアのまとめを共有します。

参加登録は以下からお願いします。
https://biopackathon.connpass.com/event/347856/


2. 2025年5月のBio"Pack"athon
5/14（水）17時から、通常通りオンラインで行います。
ゲストに東北大学の谷地村敏明先生をお招きして、scEGOTに関するトークをしていただきます。
scEGOTとは、時系列シングルセルRNA-seqデータを用いた細胞運命予測手法で、既存のRNA Velocity解析と比較すると、

- スプライシング情報を利用せずにベクトル場を推定できる
- 2時点間にある、任意の時刻における未計測データも予測できる
- その他、時間経過で細胞状態が分離していく過程の可視化、遺伝子制御ネットワークや細胞の未分化度合いの推定など、多くの機能が実装されている

といったメリットがあります。

cf.
https://ashbi.kyoto-u.ac.jp/ja/news/20250205_research-result_yachimura/
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-024-05988-z
https://github.com/yachimura-lab/scEGOT

私自身も最近気になっており、色々下調べをしたメモがあるため共有します。
https://scrapbox.io/biopackathon/scEGOTによる時系列scRNA-SeqデータでのCell_Velocity解析

参加登録は以下からお願いします。
https://biopackathon.connpass.com/event/348979/

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Koki Tsuyuzaki

Department of Artificial Intelligence Medicine,

Graduate School of Medicine, Chiba University, Japan

Institute for Advanced Academic Research (IAAR),

Chiba University, Japan

Project Lecturer

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