Bio"Pack"athon 2022 #4 4/13（水）16:00-18:00

[露崎弘毅]

MLのみなさま

理研の露崎です。
生命科学で利用されるデータベースやデータ解析手法をR、Julia、Pythonなどのプログラミング言語のパッケージにするハッカソンであるBio"Pack"athonに関してお知らせです。


来週4/13（水）に開催するBio"Pack"athon 2022 #4では、早稲田大学の早水桃子先生と、株式会社クリアコードの須藤功平さんにTreefitというツールに関してご講演していただきます。
https://biopackathon.connpass.com/event/230811/

早水先生は、医学分野から数学分野を渡り歩いている異色の経歴の方です。
https://w-rdb.waseda.jp/html/100002015_ja.html
近年はシングルセル解析にも取り組んでおり、講演していただくTreefitは早水先生が開発した、scRNA-Seqデータから細胞分化経路を定量的に推定できるツールになります。
https://researchmap.jp/momoko_hayamizu/works/27843503
早水先生は、YouTubeで講義動画を精力的に公開していることでも有名で、すでにチャンネル登録者数が3.26万人に達しています（私もよく動画を視聴させていただいています）。
https://www.youtube.com/channel/UCZFe7-vmShA0oRQ55FomoUg

また、このTreefitの実装部分に携わっている須藤功平さんは、Rubyの標準ライブラリのメンテナをされている方で、Ruby業界で有名な方です。
https://www.clear-code.com/about/
TreefitはRとPythonのパッケージとして各々実装されており、GitHub Actions上でのテストや、ドキュメント作成、レポジトリからコマンド1つでインストールできるようにしているなど、非常に丁寧に作り込んだソースコードになっているため、実装面で学ぶことが多いと思います。
https://github.com/hayamizu-lab/treefit-r
https://github.com/hayamizu-lab/treefit-python

1つのバイオインフォマティクスの手法の理論と実装を同時に聴けるのは大変貴重な機会です。
是非、みなさまConnpassで参加登録をお願いします。
https://biopackathon.connpass.com/event/230811/

なお、当日参加するためのZoomリンクは、参加登録した方だけがConnpassのページ上で見えるようになっているため、ご注意ください。

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Koki Tsuyuzaki

RIKEN BDR BiT, Japan

Special Postdoctoral Researcher