2024年10月のBio"Pack"athonについて

[露崎弘毅]

MLのみなさま

千葉大の露崎です。
生命科学で利用されるデータベースやデータ解析手法をパッケージにするハッカソンであるBio"Pack"athonに関してお知らせです。

来週10/9（水）17時から、ゲストスピーカーとして東京大学の中戸隆一郎先生にHiC1Dmetricsを紹介していただきます。
https://academic.oup.com/bib/article/23/1/bbab509/6446983
https://github.com/wangjk321/HiC1Dmetrics

RNA-SeqやATAC-Seqなど「ゲノム領域 × 特徴量（遺伝子発現量、ゲノムの状態など）」のデータが得られるオミックス技術とは異なり、Hi-Cのデータは「ゲノム領域 × ゲノム領域」の形をしているため、ゲノムブラウザ上で他のオミックスデータとピークを見比べるといったことが難しくなってきます。
そのため、Hi-Cデータを一度1次元のベクトルに変換することが考えられるのですが、それにも幾つもの1D手法が提案されています。
先生達が開発したPythonパッケージHiC1Dmetricsでは、先生達が独自開発したものを含め、9もの1D手法が実装されており、オプションを切り替えるだけで簡単にそれらを同時に試すことができます。


参加登録は以下からお願いします。
https://biopackathon.connpass.com/event/327896/

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Koki Tsuyuzaki

Department of Artificial Intelligence Medicine,

Graduate School of Medicine, Chiba University, Japan

Institute for Advanced Academic Research (IAAR),

Chiba University, Japan

Project Lecturer

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