Organiza: Grupo de Minería de Datos en Biociencias
Statistical challenges with next-generation DNA sequencing
Seminario del Dr Terry Speed
El Dr Speed es un estadítico Australiano que ha hecho significativos aportes a la estadística y sus aplicaciones en el ámbito de la genómica funcional y la bioinformática. Actualmente es el líder de la división de Bioinformática del Walter and Eliza Hall Institute (WEHI) of medical research (http://www.wehi.edu.au/faculty_members/professor_terry_speed) y hasta el año 2009 partía su año mitad en el departamento de estadística de la Universidad de California en Berkeley-USA (http://www.stat.berkeley.edu/users/terry/Group/) y la otra mitad en WEHI. Solo en el 2009 ha publicado más de 17 trabajos en revistas científicas.
Su seminario versará sobre las nuevas tecnologías en secuenciadores de alto rendimiento, sus aplicaciones y los nuevos desafíos estadístico computacionales que esta tecnología implica.
-------------------------------------------------- RESUMEN ------------------------------------------------------------------------------
Terry Speed,
Bioinformatics Division,
Walter and Eliza Hall Institute of Medical Reearch
For the past decade, microarrays have been the assays of choice for a wide range of high-throughput biological assays.
Recent improvements in the efficiency, quality, and cost of DNA sequencing are prompting biologists rapidly to abandon microarrays in favor of so-called next-generation sequencers, e.g., Applied Biosystems' SOLiD, Helicos BioSciences' HeliScope, Illumina's Genome Analyzer, and Roche's 454 Life Sciences sequencing systems.
These high-throughput sequencing technologies have already been applied to studying genome-wide transcription levels (mRNA-Seq), transcription factor binding sites (ChIP-Seq), chromatin structure, DNA methylation status, copy number and several other tasks.
Such studies have overcome many longstanding limitations of microarray-based studies, but of course new technologies raise similar as well as novel statistical and computational challenges.
In this talk I'll introduce the topic and outline some of the issues that are currently interesting me in this area.
Programa
DIA: 8 de Marzo de 2010
LUGAR: Facultad de Ingeniería, Campus Universidad Católica de Córdoba.
14 Hrs:
Apertura
14.15: Genomica Funcional hoy en Argentina y el Mercosur: Capacidades, Características , disponibilidades y aplicaciones de la tecnología de AFFYMETRIX.
Conferencia a cargo de la empresa ETC International (www.etcint.com.ar). Representante de AFFYMETRIX para latinoamerica.
14.45: coffe break
15: Statistical challenges with next-generation DNA sequencing.
Conferencia a cargo del Dr. Terry Spped.