Fwd: [Biocombio] Algoritmos en Bioinformática inmunológico. Otoño de 2010
Sebastian Bassi
From: Cristina Marino Buslje <c...@qb.ffyb.uba.ar>
Date: 2010/1/7
Subject: [Biocombio] Algoritmos en Bioinformática inmunológico. Otoño de 2010
To: Sociedad Argentina BioComBio <bioc...@dc.uba.ar>
Por favor, difundir lo máximo posible.
Gracias.
Curso: Algoritmos en Bioinformática inmunológico. Otoño de 2010
(marzo-junio)
Descripción del curso
http://www.cbs.dtu.dk/courses/BAcourse/
Ámbito de aplicación y la forma:
El alcance del curso es dar a los estudiantes una introducción
detallada a la bioinformática
inmunológico y los algoritmos de la bioinformática utilizados para la
construcción de los métodos
inmunológicos de predicción de alta calidad. El curso consta de
conferencias, discusiones, ejercicios
y proyectos. El curso es evaluado en términos de ejercicios semanales
y un informe escrito que será
entregado en el final del semestre y un examen oral.
Duración del Curso:
8 semanas
Tipo de evaluación:
El examen oral y el informe escrito. Informe escrito (50%) y examen oral (50%).
Objetivos generales:
Para proporcionar al alumno una visión general y profunda comprensión
de algoritmos de
aprendizaje máquina de bioinformática. Permitir que el estudiante
primero evaluar cual algoritmo
será el más adecuado para responder a una cuestión biológica
determinada y próxima aplicación y
desarrollo de herramientas de predicción basadas en este tipo de
algoritmo para describir los
complejos problemas biológicos, como las reacciones del sistema
inmunológico, el descubrimiento
de la vacuna, la estructura de proteínas y función, etc..
Objetivos de aprendizaje:
Un estudiante que ha cumplido los objetivos del curso será capase de:
• Entender los detalles de los algoritmos utilizados en la
bioinformática inmunológico.
• Desarrollar programas de ordenador la aplicación de estos algoritmos.
• Identificar el tipo de algoritmo más adecuado para describir un
problema biológico
determinado.
• Comprender los conceptos de redundancia de datos y la reducción de
la homología.
• Desarrollar algoritmos de predicción de la bioinformática que
describe un problema biológico
determinado.
• Aplicación y desarrollo de herramientas de predicción en un nivel de
detalle utilizando los
siguientes algoritmos: Programación dinámica (Dynamic programming), la
agrupación de
secuencias (Sequence clustering), las matrices de peso (Weight
matrices), redes neuronales
artificiales [Artificial neural networks), modelos ocultos de Markov
(Hidden Markov
models),
• Diseño de un proyecto en el que un problema biológico se analiza
utilizando uno o varios
algoritmos de aprendizaje automático.
• Implementar, documentar y presentar el proyecto de curso.
Contenido:
El curso cubrirá los algoritmos más utilizados en la bioinformática
inmunológico. Se hará hincapié
en la aplicación matemática precisa de los algoritmos en términos de
programas de ordenador
funcional. Durante el curso, los problemas biológicos de importancia
inmunológica será presentado y
analizado con el propósito de poner de relieve los puntos fuertes y
débiles de los diferentes
algoritmos. Los siguientes temas serán cubiertos:
• Programación dinámica (Dynamic programming): Needleman-Wunsch, Smith-Waterman,
and alignment heuristics
• La redundancia de datos y la reducción de la homología (Data
redundancy and homology
reduction): Hobohm and other clustering algorithms
• Matrices Peso (Weight matrices): Sequence weighting, pseudo count
correction for low
counts, Gibbs sampling, and Psi-Blast
• Modelos ocultos de Harkov (Hidden Markov Models): Model
construction, Viterbi decoding,
and posterior decoding, and Baum Welsh HMM learning
• Las redes neuronales artificiales (Artificial neural networks):
Architectures and sequence
encoding, feed-forward algorithm, and back propagation
El curso constará de conferencias, sesiones de discusión y ejercicios
en el computador, donde los
estudiantes serán introducidos a los diferentes algoritmos, su
aplicación y uso en el análisis de los
problemas biológicos.
Responsable:
Morten Nielsen, mn...@cbs.dtu.dk
--
Cristina Marino Buslje MS, PhD
Researcher, National Research Council (CONICET)
Institute of Biochemistry and Biophysics (IQUIFIB),
School of Pharmacy and Biochemistry,
University of Buenos Aires
Junín 956, 1113 Buenos Aires, Argentina
tel 54 11 4964 8289/8290/8291 extension 108, fax 54 11 4962 5457
e-mail c...@qb.ffyb.uba.ar
_______________________________________________
Biocombio mailing list
Bioc...@dc.uba.ar
https://listas.dc.uba.ar/cgi-bin/mailman/listinfo/biocombio