AliView

[Rafael N. Leite]

Vi o paper (em anexo) de um programa novo para visualização, edição de alinhamentos, etc.

Aos interessados, vai o link para download de versões tanto para windows ou mac.

http://www.ormbunkar.se/aliview/downloads/

Também copiei e colei abaixo a feature list da página do programa. 

Bom proveito e abrs,

Feature list:

- fast and light-weight 

- simple navigation, mouse-wheel zoom out unlimited to see whole alignment, and zoom in on place of interest 

- various visual cues to highlight consensus characters or characters deviating from the consensus or characters deviating from a selected "trace"-sequence 

- edit sequences/alignment (manually), insert, delete, change, move, rename (with keyboard or mouse) 

- align, add and align automatically with MUSCLE (included) or MAFFT, or any other aligner of your choice 

- define aligner program presets (different parameters, different software) 

- align new sequences to existing or realign all 

- realign a selected block 

- realign nucleotides as translated amino-acids 

- delete vertical gaps 

- undo/redo 

- find degenerate primers in conserved regions in an alignment of mixed species 

- open and save in FASTA-, NEXUS-, PHYLIP, CLUSTAL or MSF-format (unlimited file sizes) 

- print (current view) 

- export whole alignment as an image file (png-format) 

- copy selection (as fasta-sequences or just characters) 

- paste sequences (both as sequences in clipboard or filenames in clipboard) 

- add more sequences from file 

- merge two sequences - and calculate consensus if the overlap is not perfect 

- translate (view) nucleotide sequences as amino-acid sequences 

- save translated alignment 

- read and preserve Codonpos, Charset and Excludes (Nexus-specification) 

- change Codonpos for selected regions (Nexus-specification) 

- drag-drop/remove of sequences/files 

- move sequences to top/bottom with key-stroke 

- a very simple to use "external interface" that lets you invoke your other favorite programs (you could for example automatically have the alignment sent to FastTree and then automatically opened in FigTree) 

- search function that finds patterns across gaps and follows IUPAC codes 

- search multiple sequence names at once (stored in clipboard) 

- reverse complement/reverse/complement sequences or whole alignment 

- different color schemes including ClustalX 

- sort sequences by name 

- sort sequences by residue in selected column

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Rafael

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Rafael N. Leite, PhD Integrative Biology

Postdoctoral Fellow CNPq-PDJ
Coordenação de Biodiversidade – CBIO

Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia – INPA

Manaus, AM      69067-375

http://lattes.cnpq.br/4855431051907114

[Romina Batista]

Opa, obrigada Rafael...eu tenho usado a AliView... e tenho gostado. Ele tem umas funções de "salvar como" bem úteis, além de uma interface gráfica bem amigável.

Legal ir acompanhando o site dos autores, que vez e outra eles fazem updates pra ele.

Eu aconselho. =D

 

Romina Batista

PhD Candidate in Genetics, Conservation and Evolutionary Biology 

National Institute for Research in the Amazon (INPA), Manaus - AM - Brazil
Phone: +55 92 9203-5393 / Skype: rominadosdasilvabatista

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Date: Mon, 10 Nov 2014 09:55:30 -0400
Subject: [BioGeoAM] AliView
From: rnl...@gmail.com
To: BioG...@googlegroups.com

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[marina.anciaes]

Otimo Rafael obrigada! Ano passado procurei programas gratuitos para edicao em mac e so achei um que nao gostei tanto (4 peaks acho) e depois nao insisti muito. Testarei esse, abs

[Érico M. Polo]

To usando aqui e to achando muito bacana!!

Érico Macedo Polo

Mestrando no Programa de Pós-graduação em
Genética, Conservação e Biologia Evolutiva (PPG-GCBEv)

no Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA).
Av. André Araújo, 2.936 - Petrópolis - CEP 69067-375
Manaus-AM, Brasil, Campus Aleixo II.

"Live long and prosper"  \\//.