[beast-mcmc] r4809 committed - Scale max titres into log2

[beast...@googlecode.com]

Revision: 4809
Author: rambaut
Date: Fri Mar 9 07:14:05 2012
Log: Scale max titres into log2
http://code.google.com/p/beast-mcmc/source/detail?r=4809

Modified:
/trunk/src/dr/evomodel/antigenic/AntigenicLikelihood.java

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--- /trunk/src/dr/evomodel/antigenic/AntigenicLikelihood.java Fri Mar 9
07:10:35 2012
+++ /trunk/src/dr/evomodel/antigenic/AntigenicLikelihood.java Fri Mar 9
07:14:05 2012
@@ -151,6 +151,7 @@
if (Double.isNaN(titre)) {
titre = measurement.minTitre;
}
+ titre = Math.log(titre) / Math.log(2);
if (titre > maxColumnTitre[measurement.column]) {
maxColumnTitre[measurement.column] = titre;
}
@@ -393,7 +394,7 @@
double rowEffect = rowEffectsParameter.getParameterValue(row);
double columnEffect =
columnEffectsParameter.getParameterValue(column);

- double t = ((rowEffect + columnEffect) * 0.5) - (Math.log(titre) /
Math.log(2));
+ double t = ((rowEffect + columnEffect) * 0.5) - titre;
return (t - mean) / sd;
}

@@ -458,8 +459,8 @@
this.rowStrain = rowStrain;

this.type = type;
- this.minTitre = minTitre;
- this.maxTitre = maxTitre;
+ this.minTitre = Math.log(minTitre) / Math.log(2);
+ this.maxTitre = Math.log(maxTitre) / Math.log(2);
}

final int column;