Mi sono posto anche io lo stesso problema parecchi giorni fa ed ho risolto attraverso HDClone Professional su windows xp. Su ubuntu tramite il famoso comando dd non sono riuscito a riprisitnare sulla nuova SD le partizioni così come nell'originale. Con HDClone mi sono creato prima un file .img poi copiato questo sulla nuova SD card da 4Gb come l'originale.
Il programma è abbastanza semplice ed intuitivo, richiede licenza di attivazione ma se cerchi in rete saprai come trovarlo tutto compreso ;-)
Con la versione free edition mi creava bene l'immagine ma al ripristino si bloccava , con la versione Professional ci sono riuscito perfettamente ed è partito Angstrom sulla beagleboard-xM .
Spero di esserti stato d'aiuto