Ghini information
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F Ridella
Jan 8, 2018, 3:22:52 AM1/8/18
to bau...@googlegroups.com
Hi there,
I am Florencia, from the Atlantic Botanic Garden of Gijón (Spain). We are now looking for a new database management system for our Garden, and I have been looking at your information about Ghini. I have a couple questions: Does Ghini have any type of GIS connector to relate each accession with lat-long data?
We would need modules for Living collections, Seed Bank and Herbaria, but I see that you only have specific fields for living collections. How could it be fixed?
I'm trying to understand, but I need some help. Do we need to create our database with SQL and then connect it with Ghini?
Maybe we would need an informatic specialist to create that.
Warm regards,
Florencia
Mario Frasca
Jan 8, 2018, 9:01:17 AM1/8/18
to ghini/bauble
Hola Florencia en Gijón,
le contesta Mario Frasca desde el estado de Panamá.
gracias por escribir y por su interés en el software de que me estoy ocupando.
intento contestar a sus preguntas y veo que las soluciones a que estoy pensando se apoyan al uso de las notas. cada objeto en ghini puede recibir notas, y todas notas tienen autor, fecha, categoría, además que el texto de la nota.
GIS: en ghini-1.0 sufrimos de las consecuencias de un error en el dar nombre a las tablas, que nos impide usar una base datos PostGIS y pues GeoAlchemy. hasta el momento, todos usuarios que han necesitado poner datos geográficos en la base datos han definido y respetado algún estándar en el poner notas. algo como en este pantallazo:
Este en particular es el formato que reconozco cuando paso datos de ghini.desktop a ghini.web para presentar las plantas en el mapa y esta planta en particular la encuentra en un jardín aquí en Panamá. http://gardens.ghini.me/#garden=Tanager
Módulo banco de semillas y modulo herbario: todavía no he tenido un jardín que me encargara el desarrollo ni del uno ni del otro módulo. para ambos, sugiero inicialmente el uso de notas. en la fase inicial, tendríamos que observar y describir el uso que se está haciendo de los datos, para luego decidir si ampliar el módulo 'garden', o si introducir dos nuevos módulos para la colección de semillas y para el herbario.
Creación de la base de datos: ghini.desktop se encarga de la creación de las tablas y de la inicialización. esto funciona con servidores de bases de datos PostgreSQL, MySQL/MariaDB (supongo que también Oracle pues nos apoyamos a SQLAlchemy, pero nunca lo he intentado) y con los archivos SQLite, por supuesto. Si utiliza un servidor de bases de datos, tendrá que instalarlo, permitir el acceso de clientes de red limitado a la red del instituto, crear los usuarios, crear la base de datos, asignar los permisos, reservar un usuario a la creación de más usuarios.
por mi parte también tengo preguntas, sobre vuestra colección y organización. cuanto es amplia vuestra colección (cuantas plantas en el jardín, sus semillas están organizadas en accesiones y sobres, o como?); para el herbario, también quieren utilizar el software para manejar acceso y préstamo?; a cuantos usuarios piensan permitir el uso de la base de datos, o sea cuantos clientes ghini.desktop piensan tener?; tienen red local, y sus servidores son unix (OSX o —preferiblemente— Linux), o Windows? si piensan necesitar apoyo remoto, tienen la capacidad para la instalación y para el manejo mínimo de un servidor unix?
no sé si le he quitado dudas, aumentado las dudas que ya tenía, o causado más. de todas maneras me encuentra a toda disposición para ponerlos en marcha con ghini.
cordial saludo,
Mario Frasca
+393421280890 (sólo telegram)
+50765757557 (sólo whatsapp)
mariotomo (skype)
le contesta Mario Frasca desde el estado de Panamá.
gracias por escribir y por su interés en el software de que me estoy ocupando.
intento contestar a sus preguntas y veo que las soluciones a que estoy pensando se apoyan al uso de las notas. cada objeto en ghini puede recibir notas, y todas notas tienen autor, fecha, categoría, además que el texto de la nota.
GIS: en ghini-1.0 sufrimos de las consecuencias de un error en el dar nombre a las tablas, que nos impide usar una base datos PostGIS y pues GeoAlchemy. hasta el momento, todos usuarios que han necesitado poner datos geográficos en la base datos han definido y respetado algún estándar en el poner notas. algo como en este pantallazo:
Este en particular es el formato que reconozco cuando paso datos de ghini.desktop a ghini.web para presentar las plantas en el mapa y esta planta en particular la encuentra en un jardín aquí en Panamá. http://gardens.ghini.me/#garden=Tanager
Módulo banco de semillas y modulo herbario: todavía no he tenido un jardín que me encargara el desarrollo ni del uno ni del otro módulo. para ambos, sugiero inicialmente el uso de notas. en la fase inicial, tendríamos que observar y describir el uso que se está haciendo de los datos, para luego decidir si ampliar el módulo 'garden', o si introducir dos nuevos módulos para la colección de semillas y para el herbario.
Creación de la base de datos: ghini.desktop se encarga de la creación de las tablas y de la inicialización. esto funciona con servidores de bases de datos PostgreSQL, MySQL/MariaDB (supongo que también Oracle pues nos apoyamos a SQLAlchemy, pero nunca lo he intentado) y con los archivos SQLite, por supuesto. Si utiliza un servidor de bases de datos, tendrá que instalarlo, permitir el acceso de clientes de red limitado a la red del instituto, crear los usuarios, crear la base de datos, asignar los permisos, reservar un usuario a la creación de más usuarios.
por mi parte también tengo preguntas, sobre vuestra colección y organización. cuanto es amplia vuestra colección (cuantas plantas en el jardín, sus semillas están organizadas en accesiones y sobres, o como?); para el herbario, también quieren utilizar el software para manejar acceso y préstamo?; a cuantos usuarios piensan permitir el uso de la base de datos, o sea cuantos clientes ghini.desktop piensan tener?; tienen red local, y sus servidores son unix (OSX o —preferiblemente— Linux), o Windows? si piensan necesitar apoyo remoto, tienen la capacidad para la instalación y para el manejo mínimo de un servidor unix?
no sé si le he quitado dudas, aumentado las dudas que ya tenía, o causado más. de todas maneras me encuentra a toda disposición para ponerlos en marcha con ghini.
cordial saludo,
Mario Frasca
+393421280890 (sólo telegram)
+50765757557 (sólo whatsapp)
mariotomo (skype)
F Ridella
Jan 9, 2018, 2:37:20 AM1/9/18
to bau...@googlegroups.com
Buenos días Mario,
De haberlo sabido, te escribía en español!
Pues te cuento que estoy realizando un análisis de diferentes bases de datos que usan jardines botánicos para decidir a cuál de ellas migrar nuestra base de datos. En nuestro caso, necesitamos que se pueda enlazar a algún tipo de mapa GIS, es un requisito importante para elegir el sistema que vamos a implantar. Y de acuerdo a Banco de germoplasma y herbario, sería bastante útil también tener módulos específicos ya que son grandes cantidades.
En relación a sus preguntas, no tengo muy claro el número de plantas que tenemos, pero al menos 2000 especies diferentes y 16 hectáreas de superficie abierta al público (por eso queremos tener un GIS). En el Banco de Germoplasma tenemos unas 3000 accesiones, la mayoría de origen silvestre, y organizado en tubos de ensayo y botes etiquetados. Y en cuanto al herbario, tenemos dos diferentes, uno de aquí, con especímenes silvestres y cultivados, y otro que pertenecía a un botánico español, el Padre Laínz, quien dejó a nuestro cargo su herbario, hablando también de miles de ejemplares.
Es por esto que necesitamos un buen sistema de administración de datos.
Muchas gracias por su atención,
Un cordial saludo
Florencia
El 8 de enero de 2018, 21:53, Mario Frasca <ma...@anche.no> escribió:
Hola Florencia en Gijón,
le contesta Mario Frasca desde el estado de Panamá.
gracias por escribir y por su interés en el software de que me estoy ocupando.
intento contestar a sus preguntas y veo que las soluciones a que estoy pensando se apoyan al uso de las notas. cada objeto en ghini puede recibir notas, y todas notas tienen autor, fecha, categoría, además que el texto de la nota.
GIS: en ghini-1.0 sufrimos de las consecuencias de un error en el dar nombre a las tablas, que nos impide usar una base datos PostGIS y pues GeoAlchemy. hasta el momento, todos usuarios que han necesitado poner datos geográficos en la base datos han definido y respetado algún estándar en el poner notas. algo como en este pantallazo:
Este en particular es el formato que reconozco cuando paso datos de ghini.desktop a ghini.web para presentar las plantas en el mapa y esta planta en particular la encuentra en un jardín aquí en Panamá. http://gardens.ghini.me/#garden=Tanager
Módulo banco de semillas y modulo herbario: todavía no he tenido un jardín que me encargara el desarrollo ni del uno ni del otro módulo. para ambos, sugiero inicialmente el uso de notas. en la fase inicial, tendríamos que observar y describir el uso que se está haciendo de los datos, para luego decidir si ampliar el módulo 'garden', o si introducir dos nuevos módulos para la colección de semillas y para el herbario.
Creación de la base de datos: ghini.desktop se encarga de la creación de las tablas y de la inicialización. esto funciona con servidores de bases de datos PostgreSQL, MySQL/MariaDB (supongo que también Oracle pues nos apoyamos a SQLAlchemy, pero nunca lo he intentado) y con los archivos SQLite, por supuesto. Si utiliza un servidor de bases de datos, tendrá que instalarlo, permitir el acceso de clientes de red limitado a la red del instituto, crear los usuarios, crear la base de datos, asignar los permisos, reservar un usuario a la creación de más usuarios.
por mi parte también tengo preguntas, sobre vuestra colección y organización. cuanto es amplia vuestra colección (cuantas plantas en el jardín, sus semillas están organizadas en accesiones y sobres, o como?); para el herbario, también quieren utilizar el software para manejar acceso y préstamo?; a cuantos usuarios piensan permitir el uso de la base de datos, o sea cuantos clientes ghini.desktop piensan tener?; tienen red local, y sus servidores son unix (OSX o —preferiblemente— Linux), o Windows? si piensan necesitar apoyo remoto, tienen la capacidad para la instalación y para el manejo mínimo de un servidor unix?
no sé si le he quitado dudas, aumentado las dudas que ya tenía, o causado más. de todas maneras me encuentra a toda disposición para ponerlos en marcha con ghini.
cordial saludo,
Mario Frasca
+393421280890 (sólo telegram)
+50765757557 (sólo whatsapp)
mariotomo (skype)
On Monday, 8 January 2018 03:22:52 UTC-5, F Ridella wrote:
--
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Mario Frasca
Jan 9, 2018, 11:24:14 AM1/9/18
to bau...@googlegroups.com, F Ridella
Buenos días Florencia,
On 01/09/2018 02:37 AM, F Ridella wrote:
Buenos días Mario,
De haberlo sabido, te escribía en español!
sí, también me resulta más fácil.
Pues te cuento que estoy realizando un análisis de diferentes bases de datos que usan jardines botánicos para decidir a cuál de ellas migrar nuestra base de datos.
te has tropezado con jardines que utilicen specify[1]? se trata de
un software libre, en la misma manera como lo es ghini, muy completo
y a mi me parece también muy complejo. es desarrollado por la
universidad del Kansas. no te sé decir mucho de él pues sí lo tengo
instalado pero hasta la hora no encontré el tiempo para
configurarlo. lo tienen en el IAvH en Villa de Leyva, Boyacá,
Colombia, donde un especialista en sistemas está encargado en tiempo
completo de su manejo.
En nuestro caso, necesitamos que se pueda enlazar a algún tipo de mapa GIS, es un requisito importante para elegir el sistema que vamos a implantar.
si es tan importante que sólo por eso no adoptarían ghini.desktop, a
mi no me causa dificultad cambiarle el objetivo a la versión
ghini-1.1, y producir una versión casi igual a la 1.0 pero
compatible con PostGIS. cambiaría la definición de las notas (es una
y es para todos los objetos), que ahora sólo aceptan texto, para que
contengan datos "tipados" o sea: texto, número, o geográfico, y
dejamos abierta la lista de las posibilidades.
lo que al momento es el prototipo ghini-1.1 (en que ya está resuelta la incompatibilidad PostGIS) contiene muchos más cambios y más importantes y que hace falta comprobar. si vuestro jardín quisiera hacer de piloto, sería una cosa muy interesante para el desarrollo del ghini.
el número de versión es importante porque es una promesa que hago a mis usuarios: poder recibir todas puestas al día en la linea instalada, sin que les cambie la estructura de la base de datos. ejecutas »ghini -u« para poner al día y vuelves a arrancar así no más.
al pasar de una linea a la siguiente, hay que migrar los datos.
lo que al momento es el prototipo ghini-1.1 (en que ya está resuelta la incompatibilidad PostGIS) contiene muchos más cambios y más importantes y que hace falta comprobar. si vuestro jardín quisiera hacer de piloto, sería una cosa muy interesante para el desarrollo del ghini.
el número de versión es importante porque es una promesa que hago a mis usuarios: poder recibir todas puestas al día en la linea instalada, sin que les cambie la estructura de la base de datos. ejecutas »ghini -u« para poner al día y vuelves a arrancar así no más.
al pasar de una linea a la siguiente, hay que migrar los datos.
Y de acuerdo a Banco de germoplasma y herbario, sería bastante útil también tener módulos específicos ya que son grandes cantidades.
las cantidades mencionadas me parecen muy al alcance.
trabajar con notas categorizadas puede ser incómodo, no sé, hay que hacer pruebas.
las búsquedas posibles incluyen...
accession where notes.category='nombre de la persona'
accession where notes[category='nombre de la persona'].note='numero de colecta'
trabajar con notas categorizadas puede ser incómodo, no sé, hay que hacer pruebas.
las búsquedas posibles incluyen...
accession where notes.category='nombre de la persona'
accession where notes[category='nombre de la persona'].note='numero de colecta'
En relación a sus preguntas, no tengo muy claro el número de plantas que tenemos, pero al menos 2000 especies diferentes y 16 hectáreas de superficie abierta al público (por eso queremos tener un GIS).
hace un par de años hice pruebas de conectar una base datos
ghini-1.1 (compatible con postgis) al cliente geográfico QGIS[2].
era posible, ahora no me acuerdo de los detalles, tendría que volver
a mirar. creo que había problemas de incompatibilidad entre los
diferentes servidores de bases de datos.
también hé tenido un interfaz web para añadir información geográfica a una base de datos ghini[3] (el primer prototipo de ghini.web). aunque ese prototipo esté abandonado, me pareció fácil y prometedor. desde el web uno indicaba las coordenadas de la planta, directamente haciendo clic en un mapa. la capa base es proporcionada por openstreetmap. a zoom mayores tiene que ser de otra fuente. otros clientes conectados reciben los cambios en el momento en que estos sean entregados a la base datos. también tenía problemas de compatibilidad entre servidores, y sólo funcionaba con PostgreSQL.
también hé tenido un interfaz web para añadir información geográfica a una base de datos ghini[3] (el primer prototipo de ghini.web). aunque ese prototipo esté abandonado, me pareció fácil y prometedor. desde el web uno indicaba las coordenadas de la planta, directamente haciendo clic en un mapa. la capa base es proporcionada por openstreetmap. a zoom mayores tiene que ser de otra fuente. otros clientes conectados reciben los cambios en el momento en que estos sean entregados a la base datos. también tenía problemas de compatibilidad entre servidores, y sólo funcionaba con PostgreSQL.
En el Banco de Germoplasma tenemos unas 3000 accesiones, la mayoría de origen silvestre, y organizado en tubos de ensayo y botes etiquetados. Y en cuanto al herbario, tenemos dos diferentes, uno de aquí, con especímenes silvestres y cultivados, y otro que pertenecía a un botánico español, el Padre Laínz, quien dejó a nuestro cargo su herbario, hablando también de miles de ejemplares.
en uno de "mis" jardines tenemos más de 10000 accesiones (la mayoría
una planta por accesión) y el software no muestra dificultades en
manejarlas. también tenemos accesiones con centenares de plantas,
esto en el laboratorio, en que una "planta" equivale a un
frasco/bote etiquetado. el software permite seguir las propagaciones
según los enlaces planta->propagación->accesión->planta etc
etc. [4]
en el mapa del Jardín Botánico de Medellín (me han hecho la cortesía de sus datos en una hoja excel, los he importado en ghini, revisando la exactitud taxonómica) tenemos 3000 árboles georeferenciados [5], pero a este punto estamos tocando límites de visualización además que de velocidad y capacidad de la comunicación web, cuando se quieren mostrar en un mapa tantas plantas. dado que no sé cuales son los árboles grandes y las plantas pequeñas, no sé cuales plantas mostrar y cuales esconder al cambiar del zoom.
en el mapa del Jardín Botánico de Medellín (me han hecho la cortesía de sus datos en una hoja excel, los he importado en ghini, revisando la exactitud taxonómica) tenemos 3000 árboles georeferenciados [5], pero a este punto estamos tocando límites de visualización además que de velocidad y capacidad de la comunicación web, cuando se quieren mostrar en un mapa tantas plantas. dado que no sé cuales son los árboles grandes y las plantas pequeñas, no sé cuales plantas mostrar y cuales esconder al cambiar del zoom.
Es por esto que necesitamos un buen sistema de administración de datos.
no se olviden del poder contar con apoyo rápido y eficaz, en caso de
inquietudes. ;-)
cordial saludo,
Mario Frasca
1] http://specifyx.specifysoftware.org/
2] https://qgis.org/en/site/
3] http://infinite-brook-7608.herokuapp.com/ (hace tiempo no lo he mirado, no parece estar funcionando correctamente, sólo era un prototipo.)
4] https://www.youtube.com/watch?v=QoqJKq6M3QQ
5] http://gardens.ghini.me/#garden=Jardín%20Botánico%20de%20Medellín
cordial saludo,
Mario Frasca
1] http://specifyx.specifysoftware.org/
2] https://qgis.org/en/site/
3] http://infinite-brook-7608.herokuapp.com/ (hace tiempo no lo he mirado, no parece estar funcionando correctamente, sólo era un prototipo.)
4] https://www.youtube.com/watch?v=QoqJKq6M3QQ
5] http://gardens.ghini.me/#garden=Jardín%20Botánico%20de%20Medellín
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