Muy buenas Óscar,
Esta es una de las preguntas clásicas en el mundillo ;-)
Como bien dices, el tema está en que no son "mano de santo", sino que sirven como base para aprender y manejarte ante determinados supuestos (y a veces ni eso, que con según qué situaciones, espero que nadie se haya encontrado).
Por lo que comentas, tu duda está más en tirar o bien por certificaciones "oficiales" -de compañías- o bien hacia un título oficial de alguna universidad. Difícil elección, más aún cuando no son comparables, en el sentido que una te orienta más hacia el capítulo técnico de un determinado producto (como pueda ser la familia Spring) o bien hacia un apartado -¿quizás más ingenieril?- como pueda ser un master por ej. de Ingeniería del Software.
Desde el ámbito de la inquietud te diría que ambas opciones son interesantes, aunque depende de dónde te veas tu de aquí a unos años -y dónde estás en la actualidad- para poder enfrentarte a determinados retos. Yo personalmente primero me cuestionaría esto, dónde te ves de aquí a X años, y si te gustaría más especializarte como experto en el mundo Java/J2EE/Spring development o quizás te gustaría "abrirte" hacia un punto de vista menos específico y más de diseño, por ejemplo.
Por cierto, veo que estás con grandes libros de cabecera, así que igual si te animas algún día podríamos charlar sobre tu punto de vista sobre éstos, eh? ;-)
No sé, a ver qué opina el resto, pero me da que este tipo de cuestiones son las clásicas para debatir con un refresco en la mano porque no tienen respuesta única, ¿no? En fin, espero que mis comentarios te ayuden un poco, y sino, pues en nuestro próximo evento anímate y lo charlamos en persona ;-)
Un saludo,