Hi Vagner,
Here is a key piece of information I found about her potential father, Baltazar Manuel da Costa:
"BALTAZAR MANUEL DA COSTA, casou com Beatriz Vaz de Sousa, filha de Martim Vaz (34) e de Beatriz Afonso, sua mulher, que dizem alguns genealogistas ser descendente de João Afonso das Grotas Fundas, sem contudo o comprovarem. Fez testamento a 4 de Fevereiro de 1554 e 1565 pelo qual vinculou. Deixou descendência que usou de preferência os apelidos COSTA, REZENDE e MANUEL (35), e foi tronco dos morgados da Pedra Cagada no Faial da Terra (36)."
In RUMOS DA EXPANSÃO QUATROCENTISTA: D. AFONSO V E D. AFONSO II (*)
Por: Avelino de Freitas de Meneses
Hope these dates will help you narrow your search in databases.
The genealogy of João Afonso das Grotas Fundas has been extensively researched already, not without controversy. Apparently, I descend from him through a different line (Fagundes then Jacome), but I'll be honest with you, I do not understand the fascination with this character, so that's pretty much all I know. Many people from S. Miguel descend from him because he was one of the first settlers and had many children.
Cheers,
Carlos