En mi opinión, sin tener ni prusa idea, me parece que es más como 'una pistola', se mandan los g-code en orden y se van ejecutando. Si tenemos en cuenta el buffer que tendrá el firmware, pues supongo que desde el pronterface/repetier-host o el que sea se irán mandando en bloques.
Me baso en lo que he observado, por ejemplo, cuando está imprimiendo la primera capa y ves que empieza mal, le das al stop en el repetier y en general sigue haciendo varias líneas hasta que se para, no es instantáneo. Ahora que lo pienso, creo que si le das a 'parada de emergencia' sí que para instantáneamente, pero debe ser más un reset para el arduino que un g-code (supongo).
Lo de las temperaturas, es que hay dos g-codes diferentes. Hay uno que dice 'Ponte a calentar la cama/hotend, pero no esperes a que se alcance la temperatura' y otro g-code diferente que dice 'Calienta la cama/hotend y no hagas nada hasta que se alcance esa temperatura'.
Un saludo,