No se muy bien que significa que la pieza está unificada, pero en principio en cualquier programa de CAD existen funciones topológicas para SUMAR, RESTAR o INTERSECTar objetos. Por ejemplo, podrías crear un objeto, llamemosle 'huequecillo' y restarselo al original.
Por ejemplo si tienes un 'cubo1' de 40mm, creas una copia a escala 80%, cubo2 ambos con el mismo centro y se lo restas al primero.
El resultado puede depender de lo bueno que sea el programa en cuestión (algunos rechazan la operación al creer que son 'disjuntos'), pero podrías partir cubo1 en dos, ahuecarlo y volverlo a juntar, con cierta esperanza de éxito.