Tienes varias opciones (básicamente son sólo dos), pero tienes que tener claro que tu base es un plano cartesiano [1], y concretamente la parte que corresponde al cuadrante positivo (en la imagen de la Wikipedia, es el cuadrante en el que se sitúa el punto (2,3), en verde). A ver si consigo explicarme :D
* Los finales de carrera mínimos, los que usamos normalmente, se sitúan de forma que cuando el punto de impresión (la boquilla) se desplaza en sentido negativo, hacia el 0, se los encuentra en algún punto de ese recorrido, y ese punto es el que se considera como 0.
* Los finales de carrera máximos, los que *no* usamos normalmente, se sitúan de forma que cuando el punto de impresión (la boquilla) se desplaza en sentido positivo, hacia el infinito, se los encuentra en algún punto de ese recorrido, y ese punto es el que se considera como el límite físico máximo del área de impresión en ese eje.
Con lo cual, tu configuración puede ser la que quieras y utilizar los finales de carrera que quieras (ambos en cada eje, sólo el mínimo o sólo el máximo en un eje, un mínimo en un eje y un máximo en el otro, etc...), pero la cuestión es que tienes que configurarlo correctamente dependiendo de ello :D
Ahora las dos opciones de tu caso en particular, pero en ambas siempre tendrás que tener en cuenta que en el eje X el desplazamiento en sentido positivo es hacia la derecha, y en el eje Y el desplazamiento positivo (de la base) es hacia la parte delantera, considerando esa parte la parte desde la que sacaste la foto; si cambias uno de los sentidos de desplazamiento, obligatoriamente tienes que cambiar el otro para mantenerte siempre en el primer cuadrante, aunque en un caso el punto 0,0 estará en la esquina delantera-izquierda de la base, y en el otro estará en la esquina trasera-derecha, que sería como si girases el cuadrante positivo 180º
1. Puedes poner los finales de carrera a la derecha en el eje X y al fondo en el Y, pero tendrás que obligatoriamente configurar uno como máximo y otro como mínimo.
2. Puedes poner el final de carrera del eje X a la derecha, y el del eje Y delante, y tendrás que configurar ambos como mínimos o ambos como máximos.
La segunda opción es la más sencilla, ya que en realidad no tendrías que cambiar nada más que el sentido de movimiento positivo de tus ejes, que tendría que ser siempre hacia los finales de carrera, es decir, ambos contrarios a lo que estamos acostumbrados, pero que el resultado es el mismo que si girásemos 180º nuestras máquinas.
La primera también es sencilla, pero tendrías que deshabilitar el final de carrera mínimo en uno de los ejes y habilitar el máximo (da igual en cual, mientras en el otro configures el final de carrera mínimo).
Toda la configuración se hace en Marlin y en Repetier en el fichero Configuration.h, y en ambas implica:
1. Habilitar o deshabilitar el/los final/es de carrera que quieras configurar (esto en realidad no es obligatorio, porque puedes habilitarlos todos y pasar al punto siguiente)
2. Configurar el sentido en el que quieras que se haga «homing»
Es decir:
* En Marlin:
* En Repetier:
En ambos casos, lo que realmente te interesa es el punto 2. Es decir, que si en un eje *sólo* tienes un final de carrera máximo, el sentido en el que haces «homing» es «1», que básicamente es lo que vas a tener que cambiar, además de conectar correctamente ese final de carrera en la placa, respecto a la configuración normal estándar de cualquier otra Prusa :D
Respecto al punto 1 de la configuración, simplemente ten en cuenta que en Repetier tienes que decirle qué finales de carrera tienes, porque creo que no puedes hacer «homing» hacia el final de carrera máximo si lo tienes deshabilitado.
Así que si te quieres complicar la vida, que sería lo que deberías hacer para que ésto al final sirviese de algo más que imprusar, yo optaría por la opción 1, un final de carrera mínimo y otro máximo; pero si quieres lo sencillo, simplemente pon el final de carrera del eje Y delante y arreando :D
Espero que «máis ou menos» se entendiese ;)