Creo que la pieza no está refinada, salen varias caras donde solo habría de tener una. En preferencias dentro de diseño de pieza marca las casillas de verificar y refinar para que junte caras que están en el mismo plano.
Eso que te pasa a mi ya me pasó alguna vez al ir sucesivamente restando parte a parte llega un momento (no se por que) que freecad se harta de aguantarte y te dice no te resto mas jeje.
Ahora no hago eso casi nunca, las piezas a restar las sumo todas primero y luego las resto de una vez y no me suele dar problemas. Te adjunto el archivo tuyo corregido, he eliminado la última resta que había funcionado, he sumado la pieza a restar con la pieza que si había restado antes y las he restado después y ahora si te funciona.
Espero haberte ayudado.