Partimos de la base de que los tienes configurados, los dos calientan y están identificados como E0 y E1.
Para hacer el PID Autotune, debes usar el Gcode M303 como se explica en:
http://reprap.org/wiki/PID_TuningCambiando el identificador del hotend a E1 deberia ejecutarlo en el segundo. Osea:
M303 E0 Sxxx Cy -> Te dará los valores de PID de E0
M303 E1 Sxxx Cy -> Te dará los valores de PID de E1
Si son muy parecidos, seria recomendable hacer la media de cada valor y colocar esos valores como defecto en el Configuration.h de Marlin:
#
define DEFAULT_Kd 114
De esta manera, como te ha explicado Aisflou, cogerá esos valores para todos los fusores.
Si de todos modos quieres tener valores diferentes para cada hotend, se puede hacer aunque es un poco de lío. En la misma sección del Configuration.h de Marlin, verás esta linea:
//#define PID_PARAMS_PER_HOTEND // Uses separate PID parameters for each extruder (useful for mismatched extruders)
Si la descomentas, se creará una tabla para contener valores independientes para cada fusor (en temperature.cpp). Lo malo es lo que dice la siguiente linea de la que hemos descomentado:
// Set/get with gcode: M301 E[extruder number, 0-2]
Eso quiere decir que tenemos que entrar los valores de PID de manera manual a través del Gcode M301 para cada uno de los fusores (M301 E0 ... M301 E1 ...).
El inconveniente es que si apagamos el Arduino o lo reiniciamos, perderemos esos valores por lo que tendremos que usar la EPROM para guardalos (m500 para guardar, M501 para comprobar).
Todo esto es teoría. Si lo pruebas cuentanos que tal funciona.