Hola felimanue!
Lo ideal para trabajar entre 'cad's es utilizar el formato step para intercambio, es lo mas compatible.
Aunque también puedes importar STLs en FreeCad, se hace desde el banco de trabajo 'Part'.
Primero abres el stl y después vas al menu 'Pieza' y ahí le aplicas Crear forma de malla(puede tardar un rato), y con esto ya podrías hacer operaciones booleanas.
Si ademas quieres poder hacer sketches en las caras tienes que pasar un segundo proceso, seleccionando el solido que se ha creado en el paso anterior, ahora le das a 'Generador de formas', hay varias opciones, yo suelo utilizar la de solido desde shell; seleccionas una arista del modelo y le das a crear. Si todo ha salido bien tendras un tercer modelo en el árbol, y este tendrá las caras reconocidas.
Un saludo,
Moebyus Machines