¿Dónde le has metido el relé?
El M303 es para calibrar el PID del hotend, que yo sepa no tiene que ver nada con la cama que al tener mucha mayor inercia se controla con un todo o nada (por eso se puede manejar bien con un relé).
Mi experiencia es que el autotune funciona muy bien, aunque hay una característica avanzada en Marlin que permite introducir una componente adicional dependiente de la extrusión que no he probado.