Hola
Si no das más datos es un poco dificil saber qué es lo que pasa. ¿Sube Marlin o no? ¿El problema son los parámetros? Puede ser que estés subiendo el firmware correctamente, pero si no estás borrando la EPROM después de hacerlo el arduino seguirá usando los valores en EPROM en vez de los que tienes seleccionados en firmware. Por otro lado, si el Marlin es demasiado pesado (demasiado grande) satura la memoria del arduino y este empieza a funcionar mal o incluso te dirá que no cabe. Demasiadas opciones activas en marlin 1.1.x o unas pocas de más en Marlin 2.0 y el tamaño del binario subirá demasiado para que el microcontrolador pueda con ello.
Por otro lado, no tengo muy claro cómo encaja klipper en esto. Klipper no corre sobre arduino. En arduino solo se carga una especie de firmware puente entre klipper y el hardware de la máquina, es decir, el firmware que klipper controla, pero klipper en si corre en un SBC externo, como una raspberry. Si lo que pretendes es cargar klipper directamente en un arduino mega olvídate. No se puede. Hace falta algo más.
Un saludo