Buenas,
En Cura y Repetier, una vez cargada la pieza con la seleccionas con el botón izquierdo del ratón y la arrastras a la posición de la mesa que más te guste...Te recomiendo que pongas una vista desde arriba, ya que con la vista en perspectiva no afinas tanto.
Fíjate que en cura y en Repetier tienes divisiones de 1cm y que coinciden con las dimensiones de la cama... te servirán para saber donde pones la pieza.
En Cura el 0 son tres pequeñas líneas sólidas ortogonales entre si, en Repetier creo que era un punto.
No entiendo muy bien tu pregunta... pero creo entender que si mandas el eje Y al centro de la cama (Y=100 para una cama de 200), no se queda en el centro sino a 4 o 5 centimetros. Eso es porque el final de carrera del eje lo tienes desplazado esa misma distancia, solución:
-Pones el final de carrera de forma que se active justo con el extrusor en el borde de la cama
-Utilizas los parámetros de Offset del Cura-Repetier, para decirle que eje tu cero tiene un ofset de 4 o 5 mm. En cura no se donde está, pero en repetier, Configuración->Configurar impresora, pestaña de Dimensiones de impresión, tienes que meter esos 4 o 5 cm en la casilla Coord. Y Plat (mirate el dibujo que hay en esa pestaña... es muy claro)
Saludos