Hola Quisco.
Se que hay un monton de opciones abiertas para convertir archivos a según que formatos pero yo te recomiendo una opcion cerrada. Es una pena, me gustaría encontrar un programa para convertir tan bueno como este pero en codigo abierto. Se llama Deep Exploration y permite muchisima funcionalidad para convertir archivos. Si trabajas con poligono puro, aunque Rhino creo que trabaja mayormente con superficies, el DE es una maravilla.
Una ppuntualización. Los archivos stl que exporta el DE no se llevan bien con el slicer que viene con el pronterface, pero el MeshLab, que es mágico, coge perfectamente OBJ y exporta a otros formatos. Quizás esta pueda ser tu solución para convertir sin tener que usar un programa privativo.
Un saludo