Hola Antonio, yo hice la misma transición al prusaslicer por tonterías como esa y estoy muy contento con el cambio.
También me ha pasado lo del desfase de la parte superior en el cambio de color, trabajando con un .stl por capa de color.
Si lo vas a hacer así, con varios stl's, te recomiendo montarlos todos a la vez en la misma placa de impresión, en el mismo proyecto, ir quitándole o poniéndole la pieza que quieras ((ctrl+i),(delete)) y guardar el gcode de la placa en cada cambio junto con LA POSICIÓN DE LA PIEZA.
Por defecto el laminador organiza los objetos en la placa a su bola, y unas letras más pequeñas que la pieza donde van impresas tienen una distribución diferente en la placa, yo lo solucione así.
Hay que engañar al laminador colocando un grueso fuera de la pieza para los stl que queden volando, el grueso tiene que ser de la misma altura que la pieza inferior y estar colocado de manera que no interfiera con el extrusor.
Si por el contrario le marcas al programa paradas de cambio de filamento en la misma impresión, no creo que tengas problemas, pero tienes que tener instalado por lo menos el Marlin 2.0.
Si tienes alguna duda ya dirás, también tengo que una Ender3 y también estoy ahora mismo trasteando con cambios de color y esas cosas.
Un saludo.