Yo con mi prusa 2 lo que hice fue esto, igual te puede valer:
Tengo alimentado el Arduino desde el USB y la RAMPS de la fuente. A la RAMPS les puse un interrruptor a modo de seta de emergencia. En cuanto lo pulsas los motores dejan de funcionar.
Acto seguido desde los menus del LCD pausas (no paras) la impresion. Asi dejas de mandar GCODES a la RAMPS.
Ya puedes reactivar la RAMPS pero se quedar ahi donde has parado, sin imprimir. Solucionas lo que tengas que solucionar (puedes mover motores etc sin problema) y desde el LCD continuas la impresion, volverá al punto donde la pausaste.
No es la panacea pero funciona, siempre que no tardes mucho en poder solucionar. Lo hice a raiz de un pequeño desastre que tuve, eche en falta un paro de emergencia (pero sin PC, yo la uso independiente)
En mi otra impresora, una i3, no he incluido esto, el problema que tuve no me ha pasado mas veces asi que me he confiado je , je