O atributo box funciona como uma área de referência para o alinhamento.
Por exemplo:
<janela width="100" height="100" box="200,200,400,400" align="centermiddle" />
Essa layer ficará alinhada no centro vertical e horizontal dentro do box x:200, y:200, w:400, h:400.
Ou seja, se a layer tem 100x100 e o stage está alinhado no TopLeft, seu posicionamento seria:
x: 250 ( = 200 + ( 400 / 2 ) + ( 100 / 2 ) )
y: 250 ( = 200 + ( 400 / 2 ) + ( 100 / 2 ) )
Deu pra entender?