Desiree,
já passei por este problema algumas vezes. Isso ocorre por algum conflito na porta serial do seu micro com o arduino, especialmente quando você está colocando outros períféricos para utilizar a porta serial também, que creio ser o seu caso.
Eu consegui voltar a utilizar sem problema, algumas vezes reiniciando a máquina e em algumas situações piores tive que desinstalar o driver FTDI(que vem no diretório do arduino) e depois instalá-lo novamente. Outro recurso que funcionou por 1 vez foi ficar com o dedo no reset por 3 segundos após você ter mandado o arduino fazer o upload do seu programa(mas isso me pareceu meio faz e reza). Além disso, não se esqueça de sempre que estiver gravando algo no arduino, desconecte qualquer periférico que faça uso da serial do arduino, a menos que seja o Mega, que tem mais portas seriais disponíveis extras e não conflitam com a serial que o arduino usa para comunicar com o PC.
Outra dica importante, mas essa fica para depois que resolver o seu problema é colocar a instrução de delay(3000) 3secs no setup do seu programa, antes de qualquer instrução da serial, ou seja, fazendo isso, se tiver prestes a fazer uma gravação de um novo programa o arduino terá tempo de fazer o upload do seu código, depois do reset do seu programa.
Depois que fiz isso, nunca mais tive este problema. rs