Насколько я знаю, там, в этих системных настройках, иерархия, типа если запущен внутри KDE/GNOME/XFCE и прочих - сначала задетектить их "системные настройки", а уже потом сделать fail over на http_proxy. Точнее только код скажет, но ради этого лезть и изучать - не хочется :)