O problema é que quando o pacman foi instalar o pacote
python2-setuptools, ele viu que um dos arquivos que ele teria que
instalar, o /usr/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.pyc,
já existia no seu sistema de arquivos.
Um jeito fácil de resolver isso é apagar esse arquivo e tentar fazer o
update novamente. Recomendo fazer um backup dele.
No entando, isso pode ser sintoma de um problema mais profundo: tem
alguém além do pacman instalando coisas no /usr/lib. Pode ser que você
tenha instalado manualmente, ou pode ser que você tenha instalado com
algum gerenciador de pacotes de python (não manjo muito desse
ecossistema). Se foi esse o caso, talvez seja mais prudente
desinstalar com o tal gerenciador de pacotes e só depois instalar com
o pacman.
Boa sorte!
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