Problem in Running GLM3r in R

[Reden Armand Mallare]

Hi Everyone, 

Good day!

I am currently studying on how to use GLM in R. I found this tutorial which I am currently following: https://serc.carleton.edu/eddie/macrosystems/module1 

I am using the following R version:

> R.version

               _                           

platform       x86_64-w64-mingw32          

arch           x86_64                      

os             mingw32                     

system         x86_64, mingw32             

status                                     

major          4                           

minor          0.2                         

year           2020                        

month          06                          

day            22                          

svn rev        78730                       

language       R                           

version.string R version 4.0.2 (2020-06-22)

nickname       Taking Off Again 

However, since the tutorial was made for GLM version lower than GLM3r, there are some warnings shown when I ran the model. Note that I am already using an nml file suited for GLM 3.0 (which I downloaded from the GLM website directly and just edited to suit my example lake). 

1st warning is when I try to plot the given met files (see image 1).

The model finished simulation when I try the "run_glm(sim_folder, verbose=TRUE)" command.

Reading config from glm3.nml

No WQ config

values for crest_elev not provided, assuming max elevation, H[bsn]

VolAtCrest= 128962363.28125, and Max Lake Vol= 128962363.28125 (m3)

No snow and ice section, setting default parameters and assuming no snowfall

No sediment section, turning off sediment heating

WARNING: Initial profiles problem - expected 0 wd_init_vals entries but got 6

       ----------------------------------------------------

       |  General Lake Model (GLM)   Version 3.0.5        |

       ----------------------------------------------------

glm built using MSC version 1916

nDays 152 timestep 3600.000000

Maximum lake depth is 100.000000

Depth where flow will occur over the crest is 100.000000

*starting sediment =    5.00000

*starting sediment =    0.10000

Wall clock start time :  Sat Nov 14 14:09:47 2020

Simulation begins...

Running day  2457296, 100.00% of days complete

Wall clock finish time : Sat Nov 14 14:09:48 2020

Wall clock runtime 1 seconds : 00:00:01 [hh:mm:ss]

------------------------------------------------

              Run Complete

[1] 0

After running the model, the next instruction is to enter: "baseline <- file.path(sim_folder, 'output/output.nc')"

Then, "surf_temp <- get_var(file=baseline, "temp", reference='surface', z_out=c(1))"

And this warning message pops up:

Warning messages:

1: In strptime(xx, f, tz = tz) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

2: In as.POSIXct.POSIXlt(x) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

3: In strptime(x, f, tz = tz) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

4: In as.POSIXct.POSIXlt(as.POSIXlt(x, tz, ...), tz, ...) :

  unknown timezone 'Etc/GMT--8'

5: In strptime(xx, f, tz = tz) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

6: In as.POSIXct.POSIXlt(x) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

7: In strptime(x, f, tz = tz) : unknown timezone 'Etc/GMT--8'

8: In as.POSIXct.POSIXlt(as.POSIXlt(x, tz, ...), tz, ...) :

  unknown timezone 'Etc/GMT--8'

Does anybody know how to fix the issue?

Also, when I try to view the output csv in the output folder and import it as dataframe, R cannot read the correct date format. I tried modifying it as %Y-%m-%d %H:%M but it still cannot read the date column (see images 2 and 3).

That is all for now. I hope someone can help me. Thank you in advance. 

[Tadhg Moore]

Hello,

The warnings you get for the meteo file are potentially related to the format it is in. I would recommend inspecting in Excel and formatting to ensure that it is the "YYYY-MM-DD HH:MM:SS" format. 

The warning when loading the surface temperature looks like it is related to the timezone set on your computer. I would recommend adding 
Sys.setenv(TZ = "UTC") 

to the beginning of your script. 

This could also be the reason why you cannot read in the csv output file. 

This module is more suited for learning about how climate change affects lakes and not so much about learning the intricacies of the GLM model. And it has been tested and runs with the GLMr version provided in the example folder. It looks like you are using a different version of glmtools for this activity so I would point you towards these learning materials which demonstrate GLM3r and also the newer version of glmtools:  https://github.com/robertladwig/GLM_workshop

Also there is a GLM Slack for questions that would be a good place to ask questions and find out more about GLM. You can join here: https://join.slack.com/t/general-lake-model/shared_invite/zt-a7pyrxhj-oe4dYm6oLQfk1r_ZGLFTwQ

If you are still running into problems it would be great if you could share your folder setup and/or your output files so I could inspect them closer and try and replicate your issue.

Cheers,

Tadhg

[Rania Tlili]

Bonjour, je suis face au même problème, cependant la date est sur la bonne forme je ne comprends pas Qu’est-ce que output.nc

Erreur dans R_nc4_open : Aucun fichier ou répertoire de ce type Erreur dans nc_open(fichier, readunlim = VRAI) : Erreur lors de nc_open tentative d’ouverture du fichier D:/logiciels/R-4.2.2/library/GLM3r/extdata/output.nc (return_on_error= FAUX 

Le lundi 16 novembre 2020 à 16:25:16 UTC+1, Tadhg Moore a écrit :

Bonjour

Les avertissements que vous recevez pour le fichier météo sont potentiellement liés au format dans lequel il se trouve. Je recommanderais d’inspecter dans Excel et de formater pour s’assurer qu’il s’agit du format « AAAA-MM-JJ HH:MM:SS ».

L’avertissement lors du chargement de la température de surface semble être lié au fuseau horaire défini sur votre ordinateur. Je recommanderais d’ajouter
Sys.setenv(TZ = « UTC »)

au début de votre script.

Cela peut également être la raison pour laquelle vous ne pouvez pas lire dans le fichier de sortie csv.

Ce module est plus adapté pour apprendre comment le changement climatique affecte les lacs et pas tellement sur l’apprentissage des subtilités du modèle GLM. Et il a été testé et fonctionne avec la version GLMr fournie dans le dossier d’exemple. Il semble que vous utilisiez une version différente de glmtools pour cette activité, donc je vous dirigerais vers ces supports d’apprentissage qui démontrent GLM3r et aussi la nouvelle version de glmtools: https://github.com/robertladwig/GLM_workshop

Il existe également un GLM Slack pour les questions qui serait un bon endroit pour poser des questions et en savoir plus sur GLM. Vous pouvez vous inscrire ici: https://join.slack.com/t/general-lake-model/shared_invite/zt-a7pyrxhj-oe4dYm6oLQfk1r_ZGLFTwQ

Si vous rencontrez toujours des problèmes, ce serait formidable si vous pouviez partager la configuration de votre dossier et / ou vos fichiers de sortie afin que je puisse les inspecter de plus près et essayer de reproduire votre problème.

À votre santé

Tadhg

Le samedi 14 novembre 2020 à 1:28:05 UTC-5 redsm...@gmail.com a écrit :

Bonjour à tous,

Bonne journée!

J’étudie actuellement comment utiliser GLM dans R. J’ai trouvé ce tutoriel que je suis actuellement: https://serc.carleton.edu/eddie/macrosystems/module1 

J’utilise la version R suivante :

> R.version

               _                           

Plate-forme x86_64-W64-MingW32

Arche x86_64

OS mingw32

x86_64 système, mingw32

statut

Majeure 4

mineur 0,2

Année 2020

Mois 06

Jour 22

SVN rev 78730

langage R

version.string R version 4.0.2 (2020/06/22)

surnom Taking Off Again

Cependant, comme le tutoriel a été conçu pour une version GLM inférieure à GLM3r, certains avertissements s’affichent lorsque j’ai exécuté le modèle. Notez que j’utilise déjà un fichier nml adapté à GLM 3.0 (que j’ai téléchargé directement depuis le site GLM et que je viens de modifier pour l’adapter à mon exemple de lac).

Le 1er avertissement est lorsque j’essaie de tracer les fichiers met donnés (voir image 1).

Le modèle a terminé la simulation lorsque j’ai essayé la commande « run_glm(sim_folder, verbose=TRUE) ».

Lecture de la configuration à partir de glm3.nml

Pas de configuration WQ

valeurs pour crest_elev non fournies, en supposant l’altitude maximale, H[bsn]

VolAtCrest = 128962363.28125, et Max Lake Vol= 128962363.28125 (m3)

Pas de section de neige et de glace, définition des paramètres par défaut et en supposant qu’il n’y ait pas de chutes de neige

Pas de section de sédiments, arrêt du chauffage des sédiments

AVERTISSEMENT : Problème de profils initiaux - 0 wd_init_vals entrées attendues mais 6 entrées

       ----------------------------------------------------

| Modèle général du lac (GLM) version 3.0.5 |

       ----------------------------------------------------

glm construit à l’aide de MSC version 1916

nDays 152 timestep 3600.000000

La profondeur maximale du lac est de 100.000000

La profondeur où l’écoulement se produira sur la crête est de 100,000000

*sédiments de départ = 5,00000

*sédiments de départ = 0,10000

Heure de début de l’horloge murale : Sam Nov 14 14:09:47 2020

La simulation commence...

Jour de fonctionnement 2457296, 100,00% des jours terminés

Heure de fin de l’horloge murale : Sam Nov 14 14:09:48 2020

Durée d’exécution de l’horloge murale 1 secondes : 00:00:01 [hh:mm:ss]

------------------------------------------------

Exécution terminée

[1] 0

Après avoir exécuté le modèle, l’instruction suivante consiste à entrer: « baseline <- file.path(sim_folder, 'output/output.nc')"

Ensuite, « surf_temp <- get_var(file=baseline, « temp », reference='surface', z_out=c(1)) »

Et ce message d’avertissement apparaît:

Messages d’avertissement :

1: Dans strptime(xx, f, tz = tz) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

2: En as. POSIXct.POSIXlt(x) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

3: Dans strptime(x, f, tz = tz) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

4: En as. POSIXct.POSIXlt(as. POSIXlt(x, tz, ...), tz, ...) :

fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

5: Dans strptime(xx, f, tz = tz) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

6: En as. POSIXct.POSIXlt(x) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

7: Dans strptime(x, f, tz = tz) : fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

8: En as. POSIXct.POSIXlt(as. POSIXlt(x, tz, ...), tz, ...) :

fuseau horaire inconnu 'Etc/GMT--8'

Est-ce que quelqu’un sait comment résoudre le problème?

En outre, lorsque j’essaie d’afficher le fichier csv de sortie dans le dossier de sortie et de l’importer en tant que dataframe, R ne peut pas lire le format de date correct. J’ai essayé de le modifier en %Y-%m-%d %H:%M mais il ne peut toujours pas lire la colonne de date (voir images 2 et 3).

C’est tout pour l’instant. J’espère que quelqu’un pourra m’aider. Merci d’avance.