自己解決しました!
原因は「replace list item list」ブロックや「add items to list」のバグではありませんでした。
最初疑って、多重リストのリスト追加モジュールや
多重リストのリスト置き換えモジュール
まで作ってみたのですが、結果は同じで解決せず。
となると他の部分という事で、いろいろ試行錯誤していたのですが、
答えは何のためにあるのかよく判らないので無視していた「copy list」ブロックにありました。
他の人もはまるかもしれない(私だけか?)ので、別スレッドに改めて書きますが、
「select list item」ブロックで多重リストに含まれるリストを取り出す場合、
変数とのあいだに「copy list」ブロックを挟む必要があるようです。
どうもお騒がせしました。