Se tirar o root, o que já está como de sistema continua de sistema, mas, obviamente, mesmo sendo de sistema os aplicativos não vão conseguir acessar funcionalidades que dependem de root.
Nos Nexus, ter root e apks extras não é impedimento para o OTA funcionar, apesar que o root é retirado no processo do OTA, os apks a mais acho que não são retirados mas não lembro mais com tanta clareza.