A resposta correta para clonar é não... Cada cartão tem seu ID único, e mesmo quando o elemento seguro do aparelho emula um cartão (o aplicativo ponto certo usa o NFC como leitor, e não como cartão), se não me engano o ID não é reprogramável.
Ainda que fosse possível, o sistema trabalha em loop fechado, e qualquer cartão fraudado não duraria mais que um dia. De tempos em tempos há a consolidação dos dados de catracas, pontos de recarga, etc, e então se verifica inconsistências. Por exemplo, um cartão clonado, seria usado uma vez com 10 reais de crédito, e mesmo tendo sido debitado 3 reais, foi usado novamente com 10 reais de crédito (o Clone). Nesse caso o cartão entra em uma blacklist que todos os equipamentos recebem e se torna inutilizado.
O mesmo vale para quem eventualmente descobrir um método de alterar o valor das cargas ilegalmente, na hora de consolidar, será visto que apareceram créditos no cartão que não vieram do sistema, e o mesmo será cancelado. Nesse caso, o maior desmotivador é o possível lucro de uma fraude dessa, o cartão teria que ser comprado original, com uma recarga mínima de 15 reais se não me engano... Um dia de fraudes, não vai render exatamente muita coisa em um cartão, precisaria exceder 15 viagens em um dia para esgotar os 15 reais originais e começar a usar o saldo da fraude... Ou se fizer uma recarga fraudulenta depois de esgotado, você vai conseguir lucrar merreca em um dia... No final das contas, não deve ter gente interessada em fazer esse tipo de fraude pois não há retorno suficiente.