竹内です。
基本的に SD カードを始めとするフラッシュメモリは、
同一ブロックに書き込みが集中しない様に SD カードのコントローラが制御しています。
これは OS では特に気にしなくて良い様になっていまして、
OS レベルでは同じブロックに書込みしても、
物理ブロックは別のブロックに書かれる様になっています。
初期の SSD でプチフリ現象が話題になっていましたが、
あれも、書込み時のブロック ローテーション時に発生していまして、
使用中のブロックの情報を別の領域に待避したりして、
万遍なくブロックを使い切ろうと言う機構 (ウェアレベリング) がプチフリとして悪影響を出していました。
SD カードの場合も高機能なコントローラ搭載タイプはウェアレベリングを行っています。
そうで無いのなら、未使用ブロックのみを使い回すタイプですので、
空き容量が少ない場合、同じブロックを使い回す率が高くなりますので、
それだけ故障が早くなります。
そういう事を踏まえますと
出来るだけ容量が大きく、
ウェアレベリング搭載の高機能タイプの SD カードを使う限り、
気にする事は無い。
と思います。