大垣です。
Eclipse で「New Android Project」で作成したプロジェクトにおいて
追加なしに見ることができるのは、android.jarに含まれるものだけです。
つまり、アプリケーション開発に使えるものだけです。
たとえば、com.android.internal.*は、android.jarには含まれていませんし
DalvikやKernelなども、android.jarには含まれていません。
(android.jar には使っても良いもの以外は含まれていないということです。)
Windowsでは、androidソースをビルドすることはサポートされていないのですが、
Linux または MacOSX でビルドすれば、すべてを Eclipseから見ることができます。
(できました、というべきか。以前試したときの記憶でして、
再びやってみてからお知らせすべきですが、なにせビルドには一晩かかるので)
したがって、この話題はスレッドが違いますが、Windows+cygwinでビルドに挑戦するより
Windows環境しかないのであれば、UbuntuやKNOPPIXでCD-ROMブートするなり、
Win/LinuxのデュアルブートできるPCを用意するなりしたほうが良いのではないかと思います。