ファイルサーバではないですが、前にNamazuを使ってpdfやwordなどの検索をおこなえる物を作ったことがあります。(Android向けではなく、Webベースですが)http://www.namazu.org/index.html.ja
実際には、xpdfって言うのを使って事前にPDFからテキストを抜き取ってインデックス化しています。http://www.foolabs.com/xpdf/download.html
これらを使う方法はどうでしょう?