glClearColorおよびglClearをonDrawFrameが呼び出されるたびに実行していますでしょうか。私も2D描画のためにOpenGLを使っているのですが、いつのまにやらシェーダーまで学習する羽目に。OpenGLは茨の道です。
glClearを呼びださないと古い描画データが呼び出されてちらつきの原因になるので、フレーム描画のたびに常にglClearしてから必要なテクスチャーを全て貼るように修正してみてはいかがでしょうか。