やまだです。
私もViewPagerを使ったアプリを作成中です。
> ・Activityが1分間隔でデータベースにアクセスする
Activity側でスレッドを動かせばいいのではないでしょうか。
データが変わったらHandlerでnotifyをかけます。
> ・取得したデータを各フラグメントに渡す
> ・データに変更がなければFragmentにデータを渡さない
> ・Fragmentは受け取った時に画面の表示・更新処理を行う
データを保存するSingletonのクラスを作って、
Fragmentはそこからデータを取得するようにしています。
これでデータは共有するのでデータが変わったら画面が反映しています。
ただ、ViewPagerだと前後の画面もインスタンス化しているようで
前後の画面は絶対に変更したくないといった場合は、
Activity側でViewPager.OnPageChangeListener#onPageSelectedあたり
でページの判定をすればなんとかなるのではないかと思います。