本件、解決しましたので下記のとおりご報告いたします。
【概要】
Googel Developer Consoleで、version2のAPKをα版として登録し、Google Play経由でUpdateを行うと異常終了は発生しませんでした。
【詳細】
手順1 : Googel Playからversion1を新規インストール
手順2 : version2をα版公開し、テストユーザとしてGoogle Playからversion2でUpdate更新
結果、soライブラリは下記ディレクトリに正常に配置され、アプリ正常起動ができました。
/mnt/asec/xxxx-1/lib/yyyy.so (※) xxxx:アプリ名、yyyy:ライブラリ名
※事象が発生した下記端末で正常動作を確認
・GalaxyS3 (SC 06D : OS 4.1.2)
・HTC J butterfly (HTL21 : OS 4.1.1)
本問題はJNI(native libraries)を使用しているアプリをGooglePlayからインストールし、adb installのようにapkから直接Updateした場合、
且つ、一部のAndroid 4.1系端末でのみ発生するようです。
もしかしたら、桜井様にご指摘いただいたcopy protectionの問題の他に、
下記が関連しているかもしれません。(確証はありませんが。。)
『グーグル、「Google Play」を介さないアプリのアップデートを禁止』
http://japan.cnet.com/news/sec/35031441/今後、アプリのアップデートの確認は必ずα版/ベータ版登録して評価を行うように心がけます。
この度はとても参考になる情報をありがとうございました。
今後ともよろしくお願いします。