Hola,
Tal y como me comentó Jose Padilla la versión del plugin para eclipse (ADT) en su versión 0.3.1 ya registra las aplicaciones. He estado probando esta nueva revisión del plugin y ahora cualquier aplicación que creemos automáticamente pasan a ser accesibles desde la carpeta "Applications", bastante cómodo.
Al parecer simplemente habia que añadir
<intent-filter>
<action android:value="android.intent.action.MAIN" />
<category android:value="android.intent.category.LAUNCHER
" />
Saludos