Opa, também estou no começo de estudos, seguinte, no AndEngine tem um branch pro Gles1 e outro pro Gles2, o primeiro não recebe mais atualizações, o segundo é mantido, pelo que vi as principais diferenças são que o Gles2 é suportado em aparelhos com Android >= 2.2, o Gles1 >= 1.8(acho), ouvi comentários que o Gles2 perde performance em alguns casos, mas ganha em outros em relação ao Gles1.
Acho que independente do que você vai fazer deve continuar com o Gles2, a compatibilidade é boa(a maioria dos aparelhos roda no mínimo com a versão 2.2), e o material no google é melhor nessa versão, além de possuir mais recursos.