Hola, por lo que entiendo, la diferencia de tener los using dentro o fuera del namespace es de scope.
Los usings fuera del namespace tienen un scope más global que los using dentro del namespace; lo que significa que si vos tenés una clase donde llamás a un método desde dentro de un namespace, busca dentro de los usings del namespace que estás, si no los encuentra, dentro del namespace en el que estás, y luego, en los usings fuera del namespace.
Por ejemplo, si tuvieras dos clases con el mismo nombre en dos usings diferentes, el sistema va a utilizar el de los usings más "próximos".
Saludos Y ÉXITOS!!