Hola Seba:
Yo lo hice funcionar con wamp 5.2 en 32 bits y con debian stretch en 64 bits. Hice un cast de la cuit
$sql = "SELECT cuit, archivo_cert, archivo_key FROM empresa WHERE id_emp = $cod_emp";
$res = $connection->query($sql);
$data = $res->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
extract($data);
$CUIT = (double) $cuit; // esto es para que tome la CUIT de 11 caracteres como un numero
$CERTIFICADO = $archivo_cert;
$KEY = $archivo_key;
$entidad = array('CUIT' => $CUIT, 'cert' => $CERTIFICADO, 'key' => $KEY, 'production' => TRUE);
try {
$afip = new Afip($entidad);
} ......
etc, etc,
Me funciona en produccion y homologacion. Saludos
Edwin