Depende de si usas mysql, postgres o sqlite.
Si usas sqlite, entonces mal vamos porque no es usable en modo
producción.
Si usas mysql o potgres puedes hacer la copia de seguridad de la base
de datos con el programa que ellos mismos te dan gratis: mysqladmin
para mysql o pgadmin3 para postgres.
Yo de ti haría primero el backup, luego lo restauraría en otro
ordenador para asegurarte que funciona, usando abanq con ese nuevo
ordenador para asegurarte que todo va bien. Luego ya formateas tu PC y
cuando instales el gestor de bases de datos pues vuelves a restaurar
la copia.
Saludos.