ご確認ありがとうございます。
それでは以下のようなコードが.htaccessにないかご確認いただけますでしょうか。
# ------------------------------------------------------------------
# 実行可能なスクリプト (PHP, CGI, Perl, Python, Shell, EXE) をブロック
# ------------------------------------------------------------------
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index\.php$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/_setup/.*\.php$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/other2/index\.php$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} \.(php|cgi|pl|py|sh|exe|bin|dll|bat|cmd|msi|jar)$ [NC]
RewriteRule ^.*$ - [F,L]
もし存在するようであれば、一時的にコメントアウトもしくは削除してお試しください。
アップデート後元に戻していただければと思います。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。