<script>
ACMS.Config.bxsliderConf =
{
mode : 'fade', // horizontal | vertical | fade
speed : 800,
captions : true,
auto : true,
pause : 6000,
adaptiveHeight :true
};
</script>
<style>
.bx-viewport ul{
padding-left: 0;
}
</style>
<script type="text/javascript" src="/js/config.js"></script>
上記の書き方だとドメイン直下のjsフォルダを覗いた後に、ファイルがなければテーマフォルダのjsフォルダを見に行くような仕様なのでしょうか?
設定を変えたところだけACMS.Config.設定名で値を変更するようにしてください。