解決済みですが、フォーラムで同様の投稿を見かけなかったので記載しておきます。
手動インストールのみで確認していますが、簡単インストールでも発生すると思います。
エックスサーバーで、IDが5桁(sv00000)の最近追加されたサーバーで、ionCube Loaderを読み込めない現象を確認しました。
最新のサーバーでは「XアクセラレータVer.2」という高速化設定が有効になっていますが、この状態だと、php.iniのionCube Loaderの設定が有効になりませんでした。
※php.ini、.user.iniの両方を編集してみましたがだめでした
※memory_limitなど、その他の設定は反映されることを確認しています。だめなのはZend extentionだけのようです
添付のとおり、サーバー設定で旧バージョンの「XアクセラレータVer.1」に変更したところ、パスが通るようになりました。