タグの検索結果の一覧ページはタグの組み合わせで多くのページが出来上がってしまうことから noindex にするような仕様が標準テーマには用意されています。
URL に /tag/??? が含まれると noindex の記述が head 内に追加されます。
実際の実装では include/head/robots.html というファイルがインクルードされていますが、これを利用されていますか?
エントリーの詳細ページを表示する際には、tag が URL に入らないのが一般的ではありますが、どのような URL になっていますか?