Eu faria da seguinte forma, organizaria pelo campo e faria na mão (se fosse poucas) caso seja muitas, eu utilizaria o CALC (open oficce) para verificar as duplicatas e criaria uma nova coluna onde seria inserido uma marcação para eles, e quando abrisse no qgis era só selecionar os que tivessem aquele campo preenchido. Lembre-se de não organizar os dados pelo Calc, pra não trocar a tabela.