안녕하세요 권봉재라고 합니다^^
너무 늦은 답변이지만, 아주 비슷한 일을 겪은 바 있어 답변 남깁니다.
제 경우, 중부원점 위에 제작된 바로e맵이라도 실제 TMS로 제공된 타일 파일들은 구성 원리(대개 XYZ tile은 web Mercator을 따름)에 따라 3857로 타일링된다는 것이 원인이었는데요,(동일한 문제로 보임)
즉, 자료의 "메타데이터"나 "정의된 좌표계"는 5179일 수 있어도, 타일맵으로 생성되면서 실제 좌표는 3857로 재투영된 것으로 보입니다.
이때 QGIS가 타일 파일을 EPSG:3857로 해석하는 것은 당연한 일입니다.
이럴 때는 shp 파일을 3857로 재투영하고(벡터 레이어 우클릭 → Export → Save Features As... → 좌표계: EPSG:3857 선택 → 저장),
QGIS 프로젝트 좌표계도 3857로 맞추는 게 좋은 방법일 것입니다.
혹시 해결되지 않는다면(너무 늦었지만 ㅠㅠ)
파일 제공해주시면 테스트해보겠습니다
감사합니다
권봉재 드림