Hola,
Te recuerdo que este no es un foro de Fluent NH, quizás tengas mejores respuestas en otro foro, sin embargo, intentamos.
Quizas estés sobre complicando la cosa producto de que tengas una visión del uso del ORM demasiado inclinada al modelo de datos mas que de objetos (por ejemplo, me suena raro que la clase que modela a un empleado se llame Empleados (plural). Es posible que haya heredado el nombre de la tabla?
Hago una pregunta: que dice el mapping sobre la relación entre Empleados y Personal?
Por que si en el mapping ya hay una relación, el query que buscás es trivial:
var empleado = iSession.Get<Empleados>(1);
Un saludo