Seed Quality Project

[Maria Roberta de Oliveira]

Ola Filipe,

Este e o codigo que eu estava utilizando no qual gostaria que voce verificasse quando tiver um tempinho. 

setwd("C:/Users/mrdeoliv/Desktop/MR")

install.packages("devtools")

library(devtools)

install_github("filipematias23/FIELDimageR")

install.packages("sp")

install.packages("raster")

install.packages("rgdal")

library(FIELDimageR)

library(raster)

library(FIELDimageR)

library(raster)

EX1<-stack("0.jpg") # Foto

plotRGB(EX1, r = 1, g = 2, b = 3)

EX1.I1<- indices(mosaic = EX1,index = c("BI","CI","SAT","BGI")) # Tenta achar um indice que identifica sementes melhor

plot(EX1.I1$SAT) # SAT parece bom para retirar o fundo

EX1.R1<- fieldMask(mosaic = EX1,index = "CI",

                   cropValue = 0.45, # remover fundo (elimina tudo abaixo do 0.45)

                   cropAbove = F)

EX1.A1<-fieldArea(mosaic = EX1.R1$mask) # Area total

EX1.I2<- indices(mosaic = EX1.R1$newMosaic,index = c("BI","CI","SAT","BGI"))

plot(EX1.I2$BGI) # parece bom para retirar o fundo

EX1.R2<- fieldMask(mosaic = EX1.R1$newMosaic,

                   index = "BGI",

                   cropValue = 0.7,# Identifica somente doenca (corta abaixo de 0.7)

                   cropAbove = F)

plotRGB(EX1.R2$newMosaic)

EX1.A2<-fieldArea(mosaic = EX1.R2$mask) # Area doenca

Muito obrigada,

Maria

[fmatias]

Ola Maria,

Da rotina que voce enviou ate hoje muita coisa mudou no pacote, inclusive o nome das funções. Por exemplo, a função indices() se chama agora fieldIndex(). Alem disso, alguns indices foram retirados como o índice "SAT", por isso a rotina estava com problemas. 

Segue uma nova rotina:

library(FIELDimageR)
library(raster)


EX1<-stack("0.jpg") # Foto
plotRGB(EX1, r = 1, g = 2, b = 3)

EX1.I1<- fieldIndex(mosaic = EX1,index = c("BI","SCI","BGI","SI","VARI")) # Tenta achar um indice que identifica sementes melhor
plot(EX1.I1$SI) # SI parece bom para retirar o fundo

EX1.R1<- fieldMask(mosaic = EX1,index = "SI",
                   cropValue = 0.2, # remover fundo (elimina tudo abaixo do 0.2)

                   cropAbove = F)
EX1.A1<-fieldArea(mosaic = EX1.R1$mask) # Area total

EX1.I2<- fieldIndex(mosaic = EX1.R1$newMosaic,index = c("BI","SCI","BGI","SI","VARI"))

plot(EX1.I2$BGI) # parece bom para retirar o fundo
EX1.R2<- fieldMask(mosaic = EX1.R1$newMosaic,
                   index = "BGI",
                   cropValue = 0.7,# Identifica somente doenca (corta abaixo de 0.7)
                   cropAbove = F)
plotRGB(EX1.R2$newMosaic)
EX1.A2<-fieldArea(mosaic = EX1.R2$mask) # Area doenca

Lembrando que se quiser usar a equação do índice SAT basta usar o parâmetro myIndex na função fieldMask(). Por exemplo myIndex=c("(max(R,G,B)-min(R,G,B))/max(R,G,B)")

Abs

Filipe

[Maria Roberta de Oliveira]

Ola Filipe,

Obrigada pelo update. Quando eu tento rodar o codigo, aparece um erro dizendo que fieldIndex nao foi encontrado. Tive outra situacao em que foi me pedido para instalar sp, mas ai estava aparecendo um aviso dizendo que sp esta em uso e nao sera instalado.

Abraco,

Maria

[fmatias]

Ola Maria,

Você deve estar usando uma versão antiga do pacote. 

O nome de algumas funções mudaram, poderia excluir a versão que voce tem e instalar a nova versão (Estamos na 0.1.9).

Deixe-me saber se isto resolveu este problema.

Abs

Matias

[Maria Roberta de Oliveira]

Ola Filipe, desculpa a demora na resposta! Agora esta funcionando. Muito obrigada.

Abraco,

Maria